吉林大学水利工程研究所，前身为“水利工程研究所”，依托国产无码
，自2003年“水利水电工程”硕士点设立之际成立。至2024年，伴随水文与水资源工程系的设立，研究所正式更名，以新系教师为核心，承担“水文学与水资源”、“土木水利”等学科共建职责。作为科研与教学的坚强后盾，研究所为学院及系部在水文、水环境、水污染等领域的科研与生产项目提供了坚实的平台支撑。
吉林大学水利工程研究所立足新时代，致力于满足水资源、水环境与水生态协同开发利用与保护的重大需求。通过产学研一体化模式，研究所深入探究水资源、水环境和水生态的成因与演变，解决地表水与地下水相关的复杂科学与技术问题，支持自然资源开发、生态环境保护及工程建设。同时，研究所致力于培养具有家国情怀、国际视野、创新精神、水利与环境交叉学科背景的高水平复合型人才。
为响应社会生产需求，研究所确立了以下研究方向。
1、水文与水环境：针对气候变化和人类活动影响，研究气候-水文-生态互动机制，应对水旱灾害防治的科学与工程挑战。
2、水污染智能防控：基于大系统多目标优化理论，研究跨流域调水、地表水-地下水合理配置及水量水质联合调控。
3、水环境保护与水生态安全：探讨水文情势变化与生态系统演变的关联，分析水环境变化对生态系统的影响，进行水生态环境保护与修复研究，以及水资源与水生态环境的综合规划与水利工程的环境效应评估。
